瀕危及滅絕種(保育種)
按國際紅皮書IUCN標準及農委會野生動物保育法之公告，目前台灣地區已列入瀕危名單或紅名單的魚種有39種，而在台灣的魚類特有種中，有6種淡水魚已近30年未再發現或採獲標本，可能已經滅絕了，這些特有種的滅絕就是全球物種的滅絕，讓人相當痛心！

瀕危種(保育種) - 台灣的淡水漁

• 

  台灣鉤吻鮭：
  國寶魚，現僅分布於台灣大甲溪上游的溪流。

• 

  中間鰍鮀：
  只發現於高屏溪流域。

• 

  台灣細鯿：
  只發現於台灣北部極少數幾處湖泊，池塘或河川之支流或下游區。

• 

  台灣副細鯽：
  僅分佈於台灣中部烏溪、濁水溪上游及其支流和日月潭附近。

• 

  飯島氏銀鮈：
  目前只見於後龍溪。

• 

  細斑吻鰕虎：
  分布於台灣的花蓮、台東的少數幾條溪流之支流小範圍區。

• 

  蘭嶼吻鰕虎：
  僅分布在蘭嶼的較大而穩定之溪流中。

• 

  斑帶吻鰕虎：
  分布於台灣西南部的曾文溪及高屏溪流域的下游水域中。

• 

  南台中華爬岩鰍：
  只分佈在中南部兩條河川之中下游水域。

瀕危種(保育種) - 海水魚

• 

  鯨鯊：
  國際自然保育聯盟(IUCN)紅皮書評估為易危(VU)狀態。

• 

  象鯊：
  國際自然保育聯盟(IUCN)紅皮書評估為瀕危(EN)狀態。

• 

  劍旗魚：
  國際自然保育聯盟(IUCN)紅皮書評估為瀕危(EN)狀態。

• 

  赤點石斑魚：
  國際自然保育聯盟(IUCN)紅皮書評估為瀕危(EN)狀態。

• 

  庫達海馬：
  國際自然保育聯盟(IUCN)紅皮書評估為易危(VU)狀態。

• 

  短鮪：
  國際自然保育聯盟(IUCN)紅皮書評估為易危(VU)狀態。

• 

  短海蛾魚：
  國際自然保育聯盟(IUCN)紅皮書評估為易危(VU)狀態。

• 

  圓魨：
  國際自然保育聯盟(IUCN)紅皮書評估為易危(VU)狀態。

• 

  青帶圓吻燕魟：
  國際自然保育聯盟(IUCN)紅皮書評估為易危(VU)狀態。

滅絕種 - 已滅絕的淡水魚

• 

  大鱗細鯿：
  僅曾在台灣西南部河川水系中發現過，應已滅絕。

• 

  銳頭銀魚：
  推測本種的產地應產於西部河川的下游及河口地區，已滅絕。

• 

  楊氏羽衣鯊：
  僅曾分布在台灣南部的河口與潟湖區，應已滅絕。

• 

  香魚：
  原分布於本省濁水溪以及花蓮三棧溪以北的各溪流，原生之亞種已滅絕。

• 

  林氏棘鰍:
  分布於臺灣西部溪流下游溪段的緩流區或分流之中，已滅絕。

滅絕種 - 已滅絕的海水魚

• 

  台灣下鱵：
  過去僅曾見於北部淡水河口，現已滅絕。